Не рекомендуется рутинное вирусологическое и/или бактериологическое обследование всех пациентов, т.к. это не влияет на выбор лечения, исключение составляют экспресс-тест на грипп у высоко лихорадящих детей и экспресс-тест на стрептококк при подозрении на острый стрептококковый тонзиллит.
Рекомендовано проведение этиологической диагностики при подозрении на грипп: методом ПЦР-диагностики (Определение РНК вируса гриппа A (Influenza virus А)/ вируса гриппа В (Influenza virus В) в мазках со слизистой оболочки носоглотки методом ПЦР, Определение РНК вируса гриппа А/вируса гриппа В в бронхоальвеолярной лаважной жидкости методом ПЦР, Определение РНК вируса гриппа А/вируса гриппа В в мокроте (индуцированной мокроте, фаринго-трахеальных аспиратах) методом ПЦР) или при помощи иммунохроматографического экспресс-теста (Иммунохроматографическое экспресс-исследование носоглоточного мазка, эндотрахеального аспирата, бронхоальвеолярной лаважной жидкости на вирус гриппа А/ вирус гриппа В), поскольку при этой инфекции может быть начато этиотропное противовирусное лечение.